首先下载MPICH库

http://www.mpich.org/downloads/

解压tar.gz包

wget  
tar -zxvf mpich-3.2.1.tar.gz

进入目录，多线程编译

cd mpich-3.2.1
./configure --prefix=/home/zhuhd/
make -j24

解压SWAP2.tar.bz2

tar -jxvf SWAP2.tar.gz2

进入目录，编译

cd SWAP2
make

出现错误

(记得仿佛是DSO missing什么的)

编辑Makefile文件，在第5行后添加 -lpthread

保存后重新编译通过

出现了各种警告

寻找so链接文件路径

locate libimf.so

环境变量中添加链接库文件路径

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64/:$LD_LIBRARY_PATH
mpirun -np 32 ./swap -k 19 -c 5 -i ./data/S.aureus.fasta -o Saur_k31_c5

完美运行